Die Vielfalt der Fauna, die auf der Insel Elba vorkommt, ist deutlich kleiner als jene der Pflanzen. Das grösste auf Elba lebende Säugetier ist das Wildschwein. Dieses wurde in den 1960er-Jahren eingeführt und verbreitete sich aufgrund mangelnder Feinde rasch. An den Hügeln des Monte Capanne lebt das Mufflon, ein Wildschaf, das auch auf Korsika und Sardinien vorkommt. Sehr interessant ist die Vogelwelt, denn Elba liegt an einer wichtigen Route der Zugvögel. Rund um die Insel trifft man auf eine äusserst vielfältige Meeresfauna. Immer wieder entdeckt man Delfine und – mit sehr viel Glück – auch Pott-, Grind- und Finnwale.
Auf Elba findet man Wildkaninchen, Feldhasen, Marder, und diverse weitere Nagetiere. In der Macchia leben Wildschweine, die sich dort ungestört vermehren können. Sie wurden in den 1960er-Jahren auf Elba eingeführt. Die mit fünf Jahren vollständig ausgewachsenen Tiere erreichen eine Länge von bis zu 150 cm, wobei die Männchen (Keiler) grösser werden als die Weibchen (Bachen). Paarungszeit ist im Winter. Die Jungen (Frischlinge) kommen ungefähr im Juni zur Welt. Ihr hellgelb-braunes Fell weist 4 bis 5 markante Längsstreifen auf, die sich von den Schulterblättern bis zu den Hinterbeinen erstrecken. Einer Bache mit ihren Jungtieren sollte man aus dem Weg gehen, denn das Muttertier wird bei drohender Gefahr für ihre Jungtiere angriffslustig. Die Eckzähne der Männchen ragen oft bis zu 10 cm aus dem Maul heraus.
In den 1970er-Jahren wurde das Mufflon auf Elba eingeführt. Diese Wildschafe können bis zu 130 cm lang und 90 cm hoch werden. Die männlichen Mufflons (Widder) erreichen ein Gewicht von 50 kg, Weibchen (Schafe) bis zu 35 kg. Mufflons bevorzugen einen gebirgigen Lebensraum, weshalb sie sich im Westen der Insel Elba – an den Abhängen des Monte Capanne – sehr wohl fühlen. Die Weibchen bilden mit einem oder manchmal zwei Lämmern Herden. Die Männchen stossen nur in der Paarungszeit dazu. Sehr eindrücklich sind die langen, nach unten gebogenen Hörner. Das Fell der Mufflons ist kürzer als jenes der Hausschafe.
Auf Elba kommen zahlreiche Reptilienarten vor. Sehr häufig trifft man auf Eidechsen. Auf Elba kommen die Mauereidechse, die Tyrrhenische Gebirgseidechse, die Westliche Smaragdeidechse und die Ruineneidechse vor. Bei Wanderungen begegnet man den Eidechsen auf Schritt und Tritt. Am meisten verbreitet ist die Mauereidechse. Diese werden zwischen 20 und 25 cm lang. Die Färbung ist meist hell- oder dunkelbraun bis grau mit unregelmässigen schwarzen Flecken. Bei den Männchen zieht sich ein grüner Streifen über den Rücken. Die Eidechsen sind sehr scheu und fliehen bei drohender Gefahr sofort. Wird eine Eidechse gefangen, kann sie ihren Schwanz abwerfen, der dann wild zuckend liegen bleibt und den Feind ablenken soll. Ein neuer Schwanz wächst dann wieder nach. Diesen Trick kann die Eidechse aber nur einmal anwenden, denn ein zweites Mal kann sie ihren Schwanz nicht mehr loslassen.
An Mauern entdeckt man abends immer wieder einmal Geckos. Auf Elba findet man drei Arten: Den Mauergecko, den Europäischen Halbfinger und den Europäischen Glattfinger. Im Gegensatz zu den langen und dünnen Eidechsen haben Geckos einen breiten, kräftigen Körper. Sie werden zwischen 12 und 15 cm lang. Ihre Augen mit den senkrechten Pupillenschlitzen stehen deutlich hervor und ihre Haut weist viele Höckerschuppen auf. Die Oberseite ist grau oder bräunlich. Typisch für den Gecko sind seine Finger und Zehen, die breit und im vordersten Teil rundlich sind. Nur der 3. und 4. Finger, respektive Zehe weist eine Kralle auf. Geckos können mühelos über vertikale Flächen gehen und sogar an einer Decke spazieren. Geckos sind extrem scheu.
Auf Elba leben zahlreiche Schlangenarten, denen man aber nur sehr selten begegnet. Nur die Aspisviper ist giftig. Man kann sie sehr gut von den ungiftigen Schlangenarten der Insel Elba unterscheiden. Sie wird zwischen 60 und 85 cm lang und ist somit kürzer und vor allem deutlich breiter als die andere Schlangen Elbas. Ihr Kopf ist breiter als der restliche Körper und hat eine dreieckig scheinende Form. Ihre Schnauze ist leicht nach oben gebeugt. Sehr markant sind die schlitzförmigen senkrecht stehenden Pupillen. Die Oberseite der Aspisviper ist hellgrau oder bräunlich, manchmal auch rötlich. Über den Rücken ziehen sich schwarze Querstreifen. Die Aspisviper ist tagaktiv. Ihr Gift ist stärker als jenes der Kreuzotter und kann in seltenen Fällen für den Menschen tödlich sein. Die Weibchen sind lebendgebärend, das heisst, sie legen keine Eier.
An ungiftigen Schlangen begegnet man auf Elba der Ringelnatter, der Gelbgrünen Zornnatter und der Schlingnatter. Die Nattern werden deutlich länger als die Aspisviper und sind grösstenteils einfarbig. Ihre Köpfe sind kaum breiter als ihr Körper und ihre Pupillen sind rund. Schlangen sind sehr scheue Tiere und fliehen meist schon, bevor der Mensch sie erblickt hat. Sie reagieren auf Erschütterungen des Bodens. Sollte man trotzdem einer Schlange begegnen, lässt man ihr genügend Platz zur Flucht. Bei Wanderungen ist es daher ratsam, immer mal wieder kräftig aufzutreten. Um Bisse der Aspisviper zu vermeiden, sollte man bei Wanderungen festes, über die Knöchel reichendes Schuhwerk tragen. Auch sollte man nicht in Büsche oder Felslöcher greifen. Nach einem Schlangenbiss muss man unbedingt Ruhe bewahren. Der gebissene Körperteil wird ruhiggestellt. Wenn möglich bringt man die betroffene Person liegend zu einem Arzt, der in der Regel ein Gegengift spritzt.
Auf Elba kommen auch Schildkröten vor. An Land begegnet man der Griechischen Landschildkröte. Im Meer kann man mit etwas Glück die Unechte Karettschildkröte sehen.
Elba ist ein beliebter Rastplatz für Zugvögel, die hier im Frühjahr und im Herbst Station machen. Es leben aber auch zahlreiche Vogelarten ständig auf Elba. Dazu gehören Falken, Fasane, das Rote Rebhuhn und mehrere Möwenarten. Viel Lärm macht der Eichelhäher, der sich gerne mit seinen Rivalen streitet. Nach Einbruch der Dunkelheit ist häufig ein regelmässiges Tüüt zu hören. Dabei handelt es sich um eine Zwergohreule.
Wer mit dem Schiff unterwegs ist, begegnet häufig Delfinen. Der Grosse Tümmler kann bis zu 4 m lang werden! Er erreicht in der Regel ein Gewicht von 150 bis 300 kg, in seltenen Fällen bis zu 600 kg. Mit sehr viel Glück erblickt man Grindwale, Finnwale oder Pottwale. Die Meeresfauna ist sehr vielfältig. Je nach Schätzung kommen im Mittelmeer rund 700 Fischarten vor. Zu den grösseren gehört der Zackenbarsch oder die Muräne, die sich in Felshöhlen versteckt.
Für Badende manchmal lästig sind Quallen, die je nach vorherrschenden Winden und Strömungen in die eine oder andere Bucht getrieben werden können. Schmerzhaft ist der Kontakt mit einer Leuchtqualle (auch Feuerqualle genannt). Ihr Körper kann einen Durchmesser von 10 – 12 cm erreichen. Die Farbe reicht von blassem Pink bis orange. Weniger schmerzhaft dafür umso grösser ist die Wurzelmundqualle. Ihr Schirm kann einen Durchmesser von 60 – 80 cm erreichen. Nach einem Quallenkontakt schwimmt man sofort zurück zum Ufer. Dort untersucht man die betroffene Hautstelle. Etwaiger haften gebliebener Quallenschleim auf gar keinen Fall mit Süsswasser oder Alkohol abzuspülen versuchen. Dies animiert noch nicht aktivierte Nesselzellen aufzuplatzen. Quallenreste können mit Rasierschaum oder Sand bedeckt werden. Danach schabt man alles mit einem Messerrücken vorsichtig ab. Die Haut mit Eis gut kühlen und viel Wasser trinken lindert den Schmerz. Auch Essigwickel sind hilfreich. Bei auftretendem Schwindel, Übelkeit oder Atemnot ist sofort ein Arzt aufzusuchen.
